Para poder ejecutar el modelador uml staruml en ubuntú a través de wine, antes de ejecutar el instalador, ejecuta las siguientes sentencias:
$ winetricks vcrun6
$ winetricks msxml4
Una vez ejecutadas dichos comandos ejecuta wine para instalar la aplicación:
$ wine staruml-5.0-with-cm.exe
En esta página encontré las instrucciones descritas. También encontrarás las aplicaciones compatibles con wine. ¡Saludos!