Problema:
Una aplicación asp.net que corre sobre el IIS 6.0 en modo de 32 bits sobre un servidor Windows Server 2003 de 64 bits, marcaba que la libreria de FDO (Feature Data Objects) de 32 bits, en específico OSGeo.FDO.Common.dll, no era encontrada, aún cuando la ruta donde se encontraba estaba especificada en la variable de ambiente PATH (Could not load file or assembly ‘OSGeo.FDO.Common.DLL’ or one of its dependencies. This application has failed to start because the application configuration is incorrect. Reinstalling the application may fix this problem.). Investigando y usando la herramienta depends.exe encontré que estaba mal configurada, que la instalara nuevamente, más sin embargo, al revisar los eventos del sistema marcaba que la librería o ensablado VC90.CRT no estaba instalada en el sistema (Resolve Partial Assembly failed for Microsoft.VC90.CRT. Reference error message: The referenced assembly is not installed on your system.).
Solución:
Como las librerías FDO son librerias C++ y fueron compiladas en ambiente de 32 bits, es necesario instalarel paquete redistribuible de Microsoft Visual C++ 2008 (x86) en la máquina donde se hace el deploy de la aplicación.
Espero y sea de su ayuda.