Me topé con el problema de que al subir una información al Oracle Spatial no me dejaba crear el índice espacial. El metadato de mi información decía que mi datos estaban en la proyección WGS84 zona utm 14 norte (32614), sin embargo los datos recién subidos tenían la dimensión 3D en la geometría. El Oracle Spatial 11g tiene el paquete SDO_CS el cual sirve para la transformación de sistemas de coordenadas. De ese paquete utilicé la función SDO_CS.MAKE_2D de la siguiente forma:
update tabla_espacial t set t.campo_geometry = SDO_CS.MAKE_2D(t.campo_geometry);
Una vez ejecutado, la dimensión z fue eliminada de la geometría.