Para los que son nuevos en GIT con Netbeans (como yo) y desean tener un sólo repositorio GIT para múltiples proyectos java en Netbeans 8 les dejo este artículo que encontré en la web de cómo lograrlo.
Está en inglés y para quienes no conocen muy bien este idioma, trae imágenes que hacen muy entendible el artículo.
Cualquier duda estoy a sus órdenes.
¡Saludos!